chiedo informazioni riguardo problema fatture

salve a tutti, mi scuso anticipatamente se ho sbagliato il titolo riferito al mio problema nel caso, comunque il suddetto problema è il seguente:

ho iniziato a lavorare per una ditta, che ora non nomino, però il fatto è che io sono andato dal commercialista per aprire la partita iva come agente anche se devo ancora fare il corso, il problema è che la suddetta ditta mi ha emesso un'autoffattura come se fossi agente di commercio trattenendomi irpef e enasarco, però io non sono ancora registrato come agente in camera di commercio ne tantomeno all'inps, il mio commercialista è in vacanza e non riesco a contattarlo, vorrei sapere a cosa potrei andare in contro e soprattutto cosa dovrei fare al riguardo se potete aiutarmi.
comunque sia grazie a chiunque possa rispondermi.